Su carrera como político del Partido Acción Nacional (PAN) comenzó en 2004, al ser elegido diputado en el Congreso de Veracruz, cargo que ocupó hasta 2007. Ese mismo año fue electo por voto popular para desempeñarse como presidente municipal de Boca del Río en Veracruz hasta 2010.

Fungió como coordinador estatal del programa social Oportunidades. En 2011 asumió nuevamente la presidencia municipal de Boca del Río hasta 2013. En 2018 Yunes fue nombrado comisionado Ejecutivo Nacional del PAN, y ese mismo año buscó la gubernatura de Veracruz, la cual perdió ante el candidato de Morena, Cuitláhuac García Jiménez.

En las recientes elecciones de junio de 2024, fue electo senador de la República por primera minoría en Veracruz por la coalición Fuerza y Corazón, representando al PAN.

Antes de convertirse en un aliado clave del oficialismo para aprobar las grandes reformas en el Congreso, el expanista Miguel Ángel Yunes Márquez era uno de los principales enemigos de Morena en Veracruz. El partido en el Gobierno se dedicó a combatirlo ferozmente a él y a su familia, que retiene un enorme control político en el Estado sureño y es dueña de una gran fortuna, según denunció hace algunos años el propio Andrés Manuel López Obrador, patriarca morenista.